Ежегодно в рамках программы Berlinale показывается около 350 фильмов, большинство из которых европейские премьеры. Кинопрограмма фестиваля разделена на шесть секций: Competition, Panorama, International Forum of New Cinema, Generation, Perspektive Deutsches Kino и Retrospective.

В каждой секции есть свой директор, который вместе с другими экспертами фестиваля отвечает за отбор фильмов. Большие международные киноленты показываются в Competition, независимые картины и арт-хауз - в Panorama, фильмы специально для молодой аудитории в секции Generation, самые захватывающие немейкие картины в Perspektive Deutsches Kino, а картины из дальних стран и экспериментальное кино -  в  International Forum of New Cinema.  На рассмотрение могут подаваться фильмы всех жанров, продолжительности и форматов.
Европейский кинорынок (European Film Market - EFM), который является частью фестиваля, стал одним из наиболее важных событий международного кинобизнеса. Вместе Berlinale и EFM создают сеть формальных и неформальных связей.

Главными призами фестиваля являются Золотой и Серебряный Медведи. Их вручает Международное жюри фильмам из секции Competition. Международное жюри  также определяет обладателя приза Alfred Bauer Prize за фильм, который «открывает новые перспективы в искусстве кинопроизводства».
Также жюри, состоящее из трёх человек, присваивает Best First Feature Award художественному фильму-дебютанту в секции Competition, Panorama, Forum или Generation. Стоимость приза составляет EUR25 тыс.
Международное жюри короткометражных фильмов вручает Золотого и Серебряного Медведей в конкурсе короткометражек и определяет обладателя приза Prix UIP.
Хрустальные Медведи - главные призы в секции  Generation - определяется детским и юношеским жюри. Международное жюри соревнования Generation Kplus вручает призы от Deutsches Kinderhilfswerk.
На Berlinale вручаются также две официальные награды. Почётный Золотой медведь  присваивается выдающимся личностям кинематографа. Kamera зачастую присваивается тому, кому посвящена секция Почтение (Homage).
Несколько независимых жюри вручают свои призы. Каждое независимое жюри концентрируется на определенных секциях фестиваля. Критерии отбора варьируются в зависимости от цели награды. В независимые награды входят FIPRESCI Prizes, приз всеобщего жюри, Wolfgang Staudte Prize, Teddy Award и другие.
Также прислушиваются к мнению аудитории. Каждый год начиная с 1999 г. в секции Panorama присваивается приз зрительских симпатий, поддерживаемый журналом  «tip» и радио Eins. Все зрители фестиваля могут принять участие в голосовании.